Le Conseil académique comprend les représentants des Établissements membres du Consortium et de l’Université Galatasaray, ainsi que les représentants des ministères français et turcs impliqués dans la coopération.
Organisé conjointement par l’Établissement coordinateur et le rectorat de l’Université Galatasaray, le Conseil académique se réunit en formation plénière une fois par an, en alternance, en France ou en Turquie. Toute personnalité qualifiée dont la participation est jugée utile peut être invitée aux réunions.
Le Conseil académique fixe les orientations de l’action du Consortium, et valide les décisions prises par le Bureau qui, lors de chaque réunion annuelle, présente son rapport d’activité.
Chaque réunion du Conseil académique donne lieu à un compte-rendu officiel.